Le coronavirus était présent à Wuhan depuis septembre 2019 selon les documents chinois confidentiels

 

Officiellement, le premier cas du coronavirus SARS-CoV-2 a été identifié pour la première fois le 31 décembre 2019 à Wuhan en Chine (il faudra attendre le 9 janvier 2020 pour que l'OMS déclare qu'il s'agit d'un nouveau coronavirus). Pourtant, les premiers cas de Covid remonteraient à septembre 2019 d'après des documents issus de huit hôpitaux chinois dévoilés par le journal Epoch Times. Plusieurs dizaines de personnes auraient ainsi été traitées pour une « pneumonie atypique » dans différents hôpitaux de la ville entre septembre et décembre. Au moins trois seraient décédées au cours du mois de novembre.

En mars dernier, un article du South China Morning Post avait déjà montré que le coronavirus circulait depuis déjà au moins le 17 novembre, bien avant les affirmations du gouvernement. Un rapport de l'Imperial College en collaboration avec l'OMS fait de son côté remonter « l'ancêtre commun » du virus au 5 décembre. Impossible de savoir à ce stade si ces patients n'ont pas été reconnus comme souffrant d'une nouvelle maladie ou si l'information a délibérément été cachée pour ne pas affoler la population. Mais la Chine n'est pas la seule concernée par un retard à l'allumage. En Italie, une étude a retrouvé chez des patients des anticorps contre le SARS-CoV-2 chez plusieurs patients hospitalisés en septembre 2019. En France aussi, le virus circulait probablement à bas bruit depuis décembre ou janvier.

Les chercheurs tentent aujourd'hui de retracer les origines du virus et de mettre la main sur le fameux patient zéro. Une mission de l'ONU doit arriver prochainement en Chine pour enquêter sur l'apparition du SARS-CoV-2 et comprendre comment il s'est transmis à l'Homme.

Le vison pourrait être l’hôte intermédiaire du virus

Comment le SARS-CoV-2 a-t-il fait son chemin jusqu'à l'Homme ? C'est une question qui n'a toujours pas de réponse claire. Ce qui semble le plus probable, en l'état actuel des connaissances, est que l'ancêtre du SARS-CoV-2, responsable de la Covid-19, évoluait dans les chauves-souris, notamment dans celles du genre Rhinolophus. À partir de là, le coronavirus a infecté une autre espèce animale, dans laquelle il s'est répliqué et a muté pour mieux s'y adapter. Au fil du temps et des contacts êtres humains-animaux, le coronavirus a franchi la barrière des espèces pour provoquer la pandémie actuelle.

Les recherches se concentrent aujourd'hui sur l'identité de cet hôte intermédiaire. Plusieurs hypothèses ont été formulées depuis le début de la pandémie, celle du pangolin étant la plus sérieuse. Les souches de coronavirus isolées de ce mammifère en danger d'extinction sont proches du SARS-CoV-2, mais trop éloignées pour en être les parents directs. Si ce n'est pas le pangolin, quel animal a donc joué le rôle d'intermédiaire entre les chauves-souris et l'être humain ? Beaucoup d'animaux sensibles à l'infection et en contact rapproché avec l'Homme pourraient avoir joué ce rôle. Le virus a été isolé chez les chiens, les chats, les furets, ou encore chez des lions et des tigres vivant dans des zoos, et enfin chez des visons élevés pour leur fourrure.

Assez récemment, une flambée épidémique de coronavirus a été identifiée dans une ferme de visons au Danemark, conduisant à l'abattage de millions d’animaux. C'est aussi le cas en France. Des scientifiques des services sanitaires des Pays-Bas ont étudié des cas similaires dans leur pays. Là-bas, les premiers cas de contamination au SARS-CoV-2 liés aux fermes de visons ont été rapportés dès le printemps 2020. Grâce à une technique de séquençage génomique appelée WGS (whole genome sequencing), les scientifiques hollandais ont essayé de retracer l'histoire évolutive des souches isolées dans ces élevages.

Voici comment certains scientifiques imaginent l'histoire du SARS-CoV-2 à la suite des derniers éléments concernant les visons. Le SARS-CoV-2 a émergé d'un ancêtre évoluant chez les chauves-souris ou le pangolin et qui nous a contaminé par l'intermédiaire d'un animal domestique, peut-être les visons. Les SARS-CoV-2 humains peuvent infecter les animaux domestiques et inversement. L'humain a pu se contaminer lors d'un contact rapproché avec ces animaux ou en mangeant de la viande mal préparée. Peng Zhou, Zheng-Li Shi, Science 

Le vison, un hôte intermédiaire ?

Leur étude, publiée dans Science, porte sur les 16 premières fermes à avoir connu une flambée épidémique aux Pays-Bas. La première est intervenue le 23 avril 2020, alors que quatre des cinq employés de l'élevage ont eu des symptômes respiratoires. Le coronavirus a été isolé des visons après coup. Dans la seconde ferme inspectée, la flambée épidémique a été attestée le 25 avril 2020. Les huit employés ont été testés cinq jours plus tard, le 30 avril. Tous avaient des anticorps dirigés contre le SARS-CoV-2 dans le sérum.

Au total, les scientifiques ont obtenu 18 génomes exploitables, isolés des visons et des employés, provenant de sept fermes différentes sur les seize visitées. Les génomes ont été classés dans 5 clusters, notés de A à D en fonction de leur séquence. Par exemple, les coronavirus du cluster 1 ont en commun jusqu'à 9 polymorphismes nucléotidiques par rapport au coronavirus humain qui circule majoritairement aux Pays-Bas (dans un rayon de 19 km2 autour des élevages). Certaines souches issues des visons portent la fameuse mutation D614G, le variant dominant en Europe, alors que d'autres montrent le même profil que le variant historique qui a infecté les premières personnes à Wuhan.

Les scientifiques avancent aussi une autre donnée : 68 % des employés dans les élevages de visons ont contracté la Covid-19. Dans 51 % des cas, ce sont des anticorps qui ont été identifiés et dans les 49 % restant, des tests PCR qui sont revenus positifs.

L'OMS enquête

Pourquoi les élevages de visons semblent-ils être si favorables à l’émergence du coronavirus ? Dans ces endroits, la densité animale est très importante. De plus, les visons peuvent éternuer, ce qui facilite la propagation d'une maladie respiratoire comme la Covid-19 entre les animaux et les Hommes. 

Sont-ils pour autant à l’origine de la pandémie mondiale ? S'il est impossible de conclure formellement à l'heure actuelle, la question mérite d'être posée. La Chine élève en masse ces animaux pour leur fourrure, mais aussi pour leur viande, des produits qui auraient pu être vendus sur le marché exotique de Wuhan, l’origine admise de la pandémie.

La Chine vient tout juste d'autoriser les scientifiques de l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) à enquêter sur les origines du coronavirus sur son territoire. Ils devraient commencer leur travail jeudi, en espérant qu'ils amassent assez d'indices pour boucler cette enquête qui dure depuis un an maintenant.

futura-sciences.com